La chiesa di Santa Giustina, vergine e martire, sorgeva dove ora c’è la piazza Garibaldi. Il quartiere in riva sinistra dell’Adigetto, che all’epoca era ancora chiamato Adige, si chiamava già Santa Giustina in un documento del 10 giugno 1195; ma il primo documento che attesti l’esistenza della chiesa è del 14 giugno 1206. Si trattava all’inizio della cappella privata del visconte che governava Rovigo per conto degli Estensi, il cui palazzo le sorgeva accanto; la facciata della cappella era, come di consuetudine, rivolta a ovest. Intorno al 1450, ma la data non è certa, la chiesa fu eretta a parrocchia staccandola dalla pieve di Santo Stefano; non si sa nemmeno da quanto tempo la cappella fosse stata aperta al pubblico.
Il palazzo estense fu distrutto dai veneziani all’inizio del XVI secolo e la chiesa di Santa Giustina rimase un fabbricato isolato. Nel 1558 la parrocchia contava circa 1.200 abitanti e nel 1603 se ne contavano quasi 3.000, più del doppio del Duomo; la chiesa, pur essendo decorosa, era però molto piccola e mancava del battistero, costringendo i parrocchiani ad utilizzare quello del duomo. La chiesa resistette al passare del tempo ed ai restauri, che a volte erano veri ampliamenti; la facciata fu rifatta nel 1725 e arricchita con nove statue.
L’11 aprile 1806 la sede parrocchiale fu spostata nell’attuale chiesa di San Francesco, che il 19 novembre 1808 fu ufficialmente eretta a parrocchia e dedicata ai santi Francesco e Giustina. La vecchia chiesa di Santa Giustina fu alienata e infine demolita nel 1809 per creare una nuova piazza pubblica.
La chiesa attuale
Il primo corpo della chiesa di San Francesco fu costruito tra il 1297 e il 1300 in stile gotico, era a navata singola, aveva cinque cappelle absidali e la facciata dava sull’odierna via Silvestri. Si trattava della chiesa annessa al convento dei francescani, costruito su disposizione testamentaria di Obizzo II d’Este, morto nel 1293. Nel 1413 la chiesa fu ampliata con una navata sulla destra comprendente cinque cappelle comunicanti.
Il campanile fu costruito nel 1520 e l’abside centrale fu ulteriormente allungata nel 1533. Nei secoli successivi, questa chiesa primitiva fu arricchita dai rodigini per un totale di 17 altari e si racconta che fosse ornata da opere d’arte meravigliose. Durante l’età napoleonica il convento fu soppresso; la chiesa fu spogliata e profanata il 27 settembre 1797. Riaperta al culto il 2 febbraio 1799, l’11 aprile 1806 fu eretta sede parrocchiale in sostituzione dell’antica chiesa di Santa Giustina e dedicata ai Santi Francesco e Giustina.
L’edificio attuale è il risultato di una ristrutturazione iniziata il 13 maggio 1827, che ha completamente stravolto lo stile dell’edificio originario, inglobandolo nell’attuale transetto; il 7 maggio 1837 la chiesa fu consacrata al culto. La facciata fu costruita successivamente, tra il 1853 e il 1896, sull’attuale sagrato. Era ornata con cinque statue, che furono rimosse alla fine degli anni 1960. Il 6 luglio 1914 fu finalmente stabilito il fonte battesimale, richiesto al vicario generale dal parroco di Santa Giustina nel 1603, più di trecento anni prima.